朝日奈みらいとリコは、伝説の魔法つかい・キュアミラクルとキュアマジカルに変身する女の子。人間界に遊びにきた二人は、突如出現した魔女のソルシエールとその手下トラウーマの魔法によって離れ離れになってしまう。ソルシエールとトラウーマがプリキュアの涙を使って最悪の魔法を完成させようとしていると知った44人のプリキュアは、立ち向かうことを決意する。